Auteur/autrice : Jérôme Robert
Réglementation – transport
Envoyer une souche ou un prélèvement au CNR
L’envoi de souche et/ou prélèvement au CNR doit se faire dans le cadre des missions de celui-ci. Vous pouvez consulter les détails des activités d’expertise microbiologiques (tuberculose, MNT, lèpre) avant envoi. Pour toute demande en dehors de ce cadre, il est nécessaire de contacter le CNR par courriel au préalable.
Une fiche de renseignement doit obligatoirement accompagner tout envoi au CNR. Cette fiche de renseignement doit être remplie aussi complétement et précisément que possible afin de mettre en oeuvre les bonnes techniques et de pouvoir interpréter les résultats. Si besoin, la fiche peut être accompagnée de documents importants pour la compréhension du dossier, tels que résultats antérieurs d’un laboratoire. Pour la lèpre, une fiche et des modalités spécifiques ont à respecter (lien vers la fiche).
Pour rappel, la tuberculose est une maladie à déclaration obligatoire ; si ce n’est déjà fait, penser à faire la e-déclaration (eDO).
Adresse d’envoi
Les souches et/ou prélèvements sont à adresser au CNR à l’adresse suivante :
Laboratoire de Bactériologie-Hygiène HU Pitié-Salpêtrière APHP Sorbonne Université 47-83 boulevard de l’Hôpital 75651 Paris cedex 13 |
téléphone : +33 1.42.16.20.70 télécopie : +33 1.42.16.20.72 |
cnrmyrma[a]cnrmyrma.fr |
Préparation de l’envoi
Le CNR-MyRMA étant fermé le week-end et jours fériés, merci de bien vouloir expédier les souches et/ou prélèvements de préférence avant le jeudi.
1/ Contrôle de la pureté de la souche avant envoi : n’envoyer que des souches pures afin de limiter les délais de réponse.
2/ Milieux et conditions de transport
Type d’échantillon | Milieu de transport | Température de transport |
Prélèvement clinique hors recherche de lèpre | Pot stérile (nb : écouvillon refusé) | 4°C |
Prélèvement clinique à la recherche de lèpre | voir fiche spécifique | |
Souche de mycobactérie | Milieu gélosé ou liquide | Température ambiante |
Extrait d’ADN (joindre impérativement le témoin négatif d’extraction) | Tube eppendorf vissé et entouré de parafilm ou dans un tube falcon pour éviter les fuites | 4°C |
Acheminement des souches
L’expéditeur prend en charge l’envoi et le transport des souches vers le CNR-MyRMA des mycobactéries ainsi que tous les frais liés à ce transfert. A ce titre, l’expéditeur s’engage à se conformer à la réglementation applicable au transport et à la manipulation de matières infectieuses. L’expéditeur procédera également à l’emballage et l’expédition par le transporteur de son choix des souches dans le respect de la réglementation applicable en France. L’expéditeur sera responsable de tout défaut ou dommage consécutifs à un emballage inadapté.
Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l’entière responsabilité de l’expéditeur. Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l’arrêté du 5 août 2009 modifiant l’arrêté du 29 mai 2009 elatif au transport des marchandises dangereuses par voies terrestres (dit « arrêté TMD »). Il est recommandé de suivre le Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l’OMS (voir aussi les liens plus bas).
Des informations sont également disponibles sur le site de la Société Française de Microbiologie (« TRANSPORT DE MATIÈRES INFECTIEUSES »)
Catégorie de matière infectieuse | Catégorie ONU | Type d’emballage |
A | ONU 2814 (= UN 2814) | P620 |
B | ONU 3373 (=UN 3373) | P650 |
D’après l’ONU et l’OMS, les prélèvements suspects de contenir des mycobactéries, tuberculeuses ou non, ainsi que les cultures de mycobactéries non tuberculeuses, peuvent être transportés par route en catégorie B (UN 3373). En revanche, la réglementation impose un transport en catégorie A (UN 2814) pour le transport des souches de M. tuberculosis. Toutefois, d’après les recommandations européennes (ECDC) et françaises (SFM), lorsque les cultures de M. tuberculosis sont envoyées à des fins diagnostiques, elles peuvent être catégorisées B. Ainsi l’ensemble des envois au CNR-MyRMA de prélèvements ou cultures peut être fait en catégorie B.
Information concernant les souches ou d’un échantillon contenant une souche de M. tuberculosis XDR
La réglementation MOT a été modifiée par un arrêté du 26 avril 2023 publié le 28 mai 2023. Les souches de M. tuberculosis complexe ultrarésistantes (XDR) selon la définition OMS antérieure au 31/12/2020 ou la définition postérieure à cette date ne font plus partie de la liste des MOT.
En conséquence, l’envoi de souches XDR doit suivre la même procédure que pour tout envoi de prélèvement ou souche au CNR (catégorie B) comme décrit ci-dessus.
Communications des résultats
Les résultats sont adressés par courrier au laboratoire demandeur de l’analyse. Ces courriers peuvent être multipliés en cas d’analyses multiples nécessaires.
Conditions financières
Les activités du CNR contribuent à la santé publique et sont donc en partie financées par le Ministère en charge de la Santé.
Prestations de conseil, suggestions, réclamations
Contacter le CNR MyRMA par courriel à l’adresse suivante : cnrmyrma[a]cnrmyrma.fr
Les expertises sont faites à titre gracieux lorsque les souches parviennent au CNR dans les conditions requises et sont accompagnées de renseignements contribuant à la connaissance épidémiologique.
Liens utiles
- Société française de microbiologie (SFM) : transport de matières infectieuses et agents biologiques du risque épidémique et biologique
- OMS
- Transport des matières infectieuses – 2019-2020
- Transport of Infectious Substances – 2021-2022
- ONU
- ECDC : Handbook on tuberculosis laboratory diagnostic methods in the European Union
- Santé publique France : centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- ANSM – MOT
Version PDF de cette page
- envoi d’une souche ou d’un prélèvement au CNR-MyRMA
Les activités du CNR
- Expertise bactériologique
- Tuberculose / Mycobacterium tuberculosis complex
- Mycobactéries atypiques / non tuberculeuses / MNT
- Lèpre et ulcère de Buruli
- Réunions de concertations multidisciplinaires
- RCP tuberculoses complexes
- Cette RCP a pour objectif de fournir une aide pour la prise en charge de tous les cas de tuberculose compliqués : résistance ou intolérance aux antibiotiques, évolution paradoxale, forme clinique inhabituelle, etc
- Le groupe est composé de membres du CNR et d’experts dans la prise en charge des tuberculoses complexes avec une palette d’expertises variées : antibiorésistance, pédiatrie, aggravations paradoxales, etc
- Les recommandations émises reposent sur l’expertise des membres, les recommandations internationales et une analyse régulière de la littérature médicale
- RCP mycobactéries atypiques
- Le groupe est composé de membres du CNR et d’experts dans la prise en charge des mycobactérioses
- RCP lèpre
- Le groupe est composé de membres du CNR et d’experts dans la prise en charge de la lèpre
- RCP tuberculoses complexes
- Surveillance
- Surveillance de la tuberculose à bacilles multirésistants (MDR)
- Cette surveillance débutée en 1992 a pour objet de recenser de manière exhaustive les cas de tuberculose à bacilles multirésistants et résistants à la rifampicine afin d’en décrire les caractéristiques et l’évolution
- Surveillance de la résistance primaire et acquise aux antituberculeux
- Cette surveillance de la résistance primaire et acquise du bacille tuberculeux en France a débutée en 1995 et est réalisée en coordination avec le groupe Azay-Mycobactéries des laboratoires de CHU
- Registre des cas de tuberculose MDR
- L’objectif du registre est de colliger des informations cliniques, bactériologiques, thérapeutiques et sur le devenir des cas de tuberculose MDR et de mettre ces informations à disposition des collègues qui ont la charge de ces cas.
- Surveillance de la tuberculose à bacilles multirésistants (MDR)
- Recherche
- Page de l’équipe de recherche au sein du Cimi-Paris (« Emergence et propagation des multi-résistances aux antibiotiques« )
Bactériologie – tuberculose
Activités d’expertise bactériologique pour le diagnostic de la tuberculose
Les activités d’expertise suivent le logigramme suivant en cas de suspicion de résistance à la rifampicine
- Tout envoi de souche ou de matériel biologique doit respecter la réglementation
- Souche de mycobactérie du complexe tuberculosis
- Identification au sein du complexe tuberculosis quand les caractères culturaux ne sont pas typiques de M. tuberculosis
- Contrôle de sensibilité aux antituberculeux de 1ère ligne en cas de difficulté d’interprétation des résultats des tests faits dans le laboratoire d’origine
- Tests de sensibilité aux antituberculeux de 2ème ligne (kanamycine, amikacine, capréomycine, ethionamide, fluoroquinolones, bédaquiline, linézolide, cyclosérine, délamanide) et au pyrazinamide, en cas de résistance à la rifampicine
- Détection moléculaire de la résistance aux antituberculeux
- à partir d’une souche ou à partir d’un prélèvement dans lequel il y a plusieurs baar/champ (objectif x25, coloration à l’auramine)
- Analyse du gène rpoB quand la souche est suspecte d’être résistante à la rifampicine
- pour les souches MDR, analyse systématique de l’ensemble des gènes identifiés comme étant lié à une résistance antibiotique
En cas de résistance à un antituberculeux de première ligne autre que la rifampicine ou en cas d’intolérance à un antituberculeux de première ligne, les analyses suivent le logigramme suivant
- Epidémiologie moléculaire : comparaison des souches
- Systématique pour tous les cas de tuberculose à bacilles MDR
- En cas de suspicion d’épidémie : en lien étroit avec les enquêtes communautaires ou hospitalières et les ARS, et CLAT
- En cas de suspicion de contamination de laboratoire – l’analyse se fait après discussion approfondie du dossier avec le CNR
Autres activités sur la tuberculose
- RCP traitement des tuberculoses complexes
- Registre des cas de tuberculose MDR ou résistante à la rifampicine
- Surveillance des cas de tuberculoses à bacilles MDR ou de la résistance primaire et acquise
- Recherche (site du Cimi-Paris)