Auteur/autrice : Jérôme Robert

Activités d’expertise bactériologique pour le diagnostic de la tuberculose

Les activités d’expertise suivent le logigramme suivant en cas de suspicion de résistance à la rifampicine

• Tout envoi de souche ou de matériel biologique doit respecter la réglementation
• Souche de mycobactérie du complexe tuberculosis
  • Identification au sein du complexe tuberculosis quand les caractères culturaux ne sont pas typiques de M. tuberculosis
  • Contrôle de sensibilité aux antituberculeux de 1ère ligne en cas de difficulté d’interprétation des résultats des tests faits dans le laboratoire d’origine
  • Tests de sensibilité aux antituberculeux de 2ème ligne (kanamycine, amikacine, capréomycine, ethionamide, fluoroquinolones, bédaquiline, linézolide, cyclosérine, délamanide) et au pyrazinamide, en cas de résistance à la rifampicine

• Détection moléculaire de la résistance aux antituberculeux
  • à partir d’une souche ou à partir d’un prélèvement dans lequel il y a plusieurs baar/champ (objectif x25, coloration à l’auramine)
  • Analyse du gène rpoB quand la souche est suspecte d’être résistante à la rifampicine
  • pour les souches MDR, analyse systématique de l’ensemble des gènes identifiés comme étant lié à une résistance antibiotique

En cas de résistance à un antituberculeux de première ligne autre que la rifampicine ou en cas d’intolérance à un antituberculeux de première ligne, les analyses suivent le logigramme suivant

• Epidémiologie moléculaire : comparaison des souches
  • Systématique pour tous les cas de tuberculose à bacilles MDR
  • En cas de suspicion d’épidémie : en lien étroit avec les enquêtes communautaires ou hospitalières et les ARS, et CLAT
  • En cas de suspicion de contamination de laboratoire – l’analyse se fait après discussion approfondie du dossier avec le CNR

Autres activités sur la tuberculose

• RCP traitement des tuberculoses complexes
• Registre des cas de tuberculose MDR ou résistante à la rifampicine
• Surveillance des cas de tuberculoses à bacilles MDR ou de la résistance primaire et acquise
• Recherche (site du Cimi-Paris)
  • Publications

Expertise bactériologique sur la lèpre

Les activités d’expertise microbiologique concernant la lèpre suivent les modalités présentées dans le logigramme ci-dessous

Tout envoi de souche ou de matériel biologique doit respecter la réglementation

Autres activités sur la lèpre

• RCP Lèpre : demande d’avis thérapeutique
• Recherche (équipe Cimi-Paris)
  • Publications

Expertise bactériologique pour les mycobactéries atypiques

• Tout envoi de souche ou de matériel biologique doit respecter la réglementation

Il est précisé que faire le diagnostic de mycobactériose n’implique pas la mise en route systématique d’un traitement, ce dernier devant être discuté au cas par cas.

Les activités d’expertise bactériologique suivent les logigrammes suivant selon l’espèce bactérienne de MNT (croissance rapide ou croissance lente.

Dans certaines indications, en liens avec les correspondants, le CNR-MyRMA peut être amené à comparer des souches de MNT de même espèce selon le contexte épidémiologique en suivant le logigramme ci-dessous

• RCP mycobactéries atypiques (MNT)